Dalam menjalankan fungsinya Rektor dan Wakil Rektor sebagai pimpinan Universitas, para Dekan dan Wakil Dekan sebagai pimpinan Fakultas, para Kepala Biro/UPT/Laboratorium/Studio; beranggapan bahwa faktor keterlibatan seluruh sivitas dalam mencapai visi, misi dan tujuan adalah sangat penting, sehingga penugasan disesuaikan dengan kompetensi yang dibutuhkan untuk melaksanakan jenis pekerjaan tertentu. Sesuai dokumen SPMI dengan Nomor Dokumen: UNTAG-JD-03 tentang Job Description Rektor dan Wakil Rektor bisa dilihat pada Website: spm.untag-smd.ac.id. Pola kepemimpinan dilaksanakan secara kolektif/bersama-sama diantara pimpinan lainnya, namun keputusan akhir berada di tangan Rektor di tingkat Universitas, dan Dekan di tingkat Fakultas, setelah mempertimbangkan masukan-masukan yang ada.

Pola kepemimpinan ini telah berjalan kondusif serta memungkinkan terjadinya pemerataan sumber daya. Hal ini ditunjukkan dengan lancarnya proses akademik, administrasi dan keuangan serta bidang kemahasiswaan selama ini. Mekanisme ini pada akhirnya dapat menciptakan tata laksana proses belajar mengajar dan program kerja yang telah ditetapkan berjalan lancar. Pola kepemimpian di UNTAG 1945 Samarinda, dalam hal pengambilan keputusan, menganut sistem sentralisasi untuk bidang administrasi, keuangan dan sumberdaya manusia, serta sistem desentralisasi untuk bidang akademik dan kemahasiswaan.

Keputusan-keputusan penting yang bersifat jangka panjang, dilakukan oleh pimpinan Universitas (Rektor) dan Fakultas (Dekan) dengan terlebih dahulu mendiskusikannya dalam Rapat Pimpinan, Rapat Dosen atau dalam Rapat Senat. Mekanisme pengambilankeputusan yang dilakukan dengan pola ini diharapkan setiap permasalahan dapat ditangani secara tepat, cepat dan luwes. Selain itu, diharapkan dengan pola yang telah diterapkan, pertanggungjawaban pimpinan dapat dilakukan secara transparan dan dapat akuntabel. Dengan demikian semua komponen ikut terlibat dalam penentuan kebijakan dan pelaksanaan berbagai aktivitas; sehingga diharapkan semua akan merasa ikut bertanggungjawab dalam mewujudkan visi, misi, tujuan, dan sasaran Universitas. Kondisi seperti ini mencerminkan bahwa, UNTAG 1945 Samarinda menerapkan pola kepemimpinan yang kuat, baik dalam kepemimpinan operasional, kepemimpinan organisasi, maupun kepemimpinan publik.

1.    Kepemimpinan operasional

Pola kepemimpinan operasional yang dilaksanakan baik di tingkat Universitas, Fakultas maupun unit kerja yang ada di lingkungan UNTAG 1945 Samarinda dilakukan untuk mewujudkan  terciptanya kemampuan menjabarkan dan melaksanakan  visi, misi, tujuan dan strategis sebagaimana tertuang dalam Renstra dan RKAT Universitas dan Fakultas.

Pola kepemimpinan yang diterapkan di UNTAG 1945 Samarinda tertuang dalam Statuta UNTAG 1945 Samarinda berupa kepemimpinan dinamis dan demokratis yang pada hakekatnya ditujukan untuk mewujudkan  institusi yang sehat, akuntable dan memiliki tata pamong yang baik dalam rangka  penyelenggaraan tri dharma yang berkualitas, efektif dan efisien. Di dalam Renstra UNTAG 2013-2017 berdasarkan visi, misi, nilai, tujuan, dan analisa faktor-faktor strategis, berbagai agenda kebijakan implementasi telah dirumuskan, seperti peningkatan penyelenggaraan pendidikan, peningkatan intensitas dan kualitas penelitian dan pengabdian pada masyarakat, organisasi dan manajemen, dan penataan lingkungan kampus. Masing-masing agenda tersebut dijabarkan secara rinci di dalam strategi dan indikator kinerja pencapaiannya.

Segenap sivitas akademika dan unit-unit organisasi dalam lingkungan UNTAG 1945 Samarinda memiliki persepsi dan pemahaman yang sama tentang visi dan misi yang telah dirumuskan. Pemahaman visi dan misi lebih dahulu dimulai dari pimpinan tertinggi, karena dengan posisi yang sangat penting dapat berpengaruh terhadap organisasi secara keseluruhan. Pimpinan tertinggi mempunyai peranan yang sangat penting, terutama dalam hal menetapkan tujuan utama organisasi, serta mengkomunikasikan standar kinerja dan menunjukkan kepercayaan terhadap kemampuan stafnya untuk memenuhi standar tersebut. Hal ini berarti, peran dari pimpinan dalam perencanaan strategis terutama dalam penetapan visi, misi dan tujuan sasaran serta strategi sangat penting. Selain itu, pimpinan tertinggi juga berpengaruh terhadap implementasi strategi, terutama dalam memotivasi stafnya dalam mencapai tujuan. Komitmen pimpinan yang cukup kuat dalam  kegiatan operasional institusi juga ditunjukkan oleh terbentuknya beberapa unit kerja pendukung, penunjang dan pelayanan  seperti Pusat Kajian Bahasa, Lembaga Penjaminan Mutu, Audit Mutu Internal, Unit Infokom, LBH (lembaga bantuan hukum), Pusat Layanan Karier, Pusat bimbingan dan Konseling dan lain-lain. Sehingga VMTS yang tertuang dalam Renstra dan RKAT dapat dijalankan dengan baik dan lacar.

2.    Kepemimpinan organisasi

Kepemimpinan organisasi berkaitan dengan pemahaman seluruh sivitas akademika UNTAG 1945 Samarinda terhadap tata kerja unit dalam organisasi (Wewenang dan Tanggung jawab, tata kerja organisasi, mekanisme/prosedur kerja) penyelenggaraan perdidikan tinggi.

Pimpinan  mempunyai tugas pokok menyelenggarakan pendidikan akademik dan vokasi, dalam sejumlah disiplin pengetahuan, teknologi dan/atau kesenian tertentu di lingkungan UNTAG 1945 Samarinda. Untuk menyelenggarakan tugas pokok tersebut, pimpinan mempunyai fungsi: melaksanakan, mengembangkan pendidikan, melaksanakan penelitian dalam rangka pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau kesenian, melaksanakan pengabdian kepada masyarakat, melaksanakan pembinaan sivitas akademika dan hubungannya dengan lingkungan, melaksanakan kegiatan layanan administratif. Sesuai dengan Statuta UNTAG 1945 Samarinda 2013, susunan organisasi UNTAG 1945 Samarinda terdiri atas: Rektor dan 3 Wakil Rektor (Bidang akademik, bidang administrasi umum dan kesejahteraan, bidang kemahasiswaan dan kerjasama), Senat Universitas, Biro administrasi umum, Biro Keuangan, Biro Administrasi Akademik Kemahasiswaan dan Sistem Informasi, 6 Fakultas, Lembaga Penelitian Dan Pengabdian Pada Masyarakat (LP2M), Lembaga Pusat Kajian Bahasa, Lembaga Penjaminan Mutu dan Unit Pelaksana Teknis.

Bentuk struktur atau susunan organisasi ini disesuaikan dengan kebutuhan universitas serta peraturan yang berlaku, dan setiap unit kerja masing-masing mempunyai tugas dan fungsi serta wewenang yang jelas sesuai dengan statuta. Dalam menjalankan tugas dan fungsinya sebagai pimpinan organisasi, Rektor berperan menjadi pemersatu semua komponen organisasi. Berbagai kritik, saran dan masukan dari setiap komponen; ditampung, dievaluasi dan dirumuskan oleh Rektor dan pimpinan lainnya untuk pengembangan organisasi. Pengambilan keputusan terutama yang berkaitan dengan pengembangan organisasi, Rektor selalu melibatkan pimpinan lainnya termasuk pimpinan fakultas, dan/atau dosen, serta Senat Universitas dalam hal-hal tertentu, agar keputusan yang diambil menjadi lebih efektif dan difahami semua komponen, sehingga dapat dilaksanakan dengan baik. Demikian juga halnya dengan kepemimpinan di masing-masing komponen/ unit kerja; pengambilan keputusan-keputusan penting yang akan dilaksanakan, juga selalu didiskusikan terlebih dahulu.

Rektor dan pimpinan lainnya menjadi orang terdepan dalam membina hubungan baik di internal universitas, serta dalam pembinaan kerjasama dengan berbagai institusi dari luar UNTAG 1945 Samarinda. Rektor dan seluruh pimpinan berupaya maksimal agar kepemimpinan organisasi tidak menyimpang dari nilai-nilai, norma, dan etika serta budaya organisasi sesuai dengan pembagian kerja (job description). Dengan demikian, pola kepemimpinan organisasi universitas diharapkan dapat lebih berdaya guna mewujudkan visi, misi, tujuan dan sasaran universitas.

3.    Kepemimpinan publik

Kepemimpinan Publik tercermin melalui kiprah pimpinan universitas (terutama Rektor), Fakultas (Dekan) dan Unit kerja sebagai pimpinan dan unsur pimpinan di organisasi kemasyarakatan baik organisasi profesi maupun non profesi. Beberapa organisi terkait dengan kiprah pimpinan antara lain

a. Rektor : Pembina dan penasehat APTISI Wilayah Kaltim; ADRI Kaltim; Tim Seleksi Pejabat Eselon Provinsi dan Kota; Ketua Tim Pakar Balitbangda Provinsi Kalimantan Timur (2005 – 2007); Anggota Dewan Penasehat Asosiasi Perguruan Tinggi Swasta (APTISI) Wilayah XIB Kaltimtara; Anggota Dewan Pakar Samarinda Smart City ; Anggota Dewan Pakar Indonesian Association For Public Administration  (IAPA) Daerah Kalimantan Timur ;  Anggota Dewan Pembina Perkumpulan Ahli dan Dosen Republik Indonesia (ADRI) Kalimantan Timur; Anggota Dewan Pengarah Asosiasi Dosen Pendidikan Kewarganegaraan (ADPK) Kota Samarinda.

b. Wakil Rektor : Sekretaris dan wakil Ketua APTISI Wilayah Kaltim; ADRI Kaltim; APPERTI Kaltim; MUI; Organisasi Keagamaan (Muhammadiyah)

c.  Kiprah Rektor dalam MoU: Kerjasama dengan institusi dalam negeri, antara lain telah terjalin dengan berbagai intitusi pendidikan (perguruan tinggi), institusi pemerintah, swasta dan LSM. Sedang Kerjasama dengan institusi manca negara antara lain : Universitas Chulalongkorn Thailand dan Universiti Malaysia Sabah, University of Texas at El Paso (UTEP), Al Insan Foundation Singapore, University Technic Sidney (UTS), DAIKIN University Melbourne. Berbagai kerjasama yang telah terlaksana dan kerjasama-kerjasama yang sedang dibangun, diarahkan untuk meningkatkan kualitas 1945 Samarinda.

Dalam menjalankan tugas dan fungsinya sebagai pimpinan publik, Rektor dan pimpinan lainnya selalu berupaya berkomunikasi dengan masyarakat dan institusi terkait untuk menjalin hubungan baik dan kerjasama. Setiap pimpinan unit kerja diamanahkan untuk merintis kerjasama terkait Tri Dharma Perguruan Tinggi, tetapi keputusan terakhir tetap pada Rektor. Semua kerjasama ditandatangani oleh Rektor, atau oleh pimpinan lain yang ditunjuk Rektor. Berkat kepemimpinan yang baik, universitas telah menjalin kerjasama dengan berbagai institusi, baik pemerintah maupun pihak swasta. Kerjasama dengan berbagai institusi terjalin dalam bidang pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat.

Payung hukum kerjasama diawali dengan penandatanganan Memorandum of Understanding (MoU) antara Rektor dengan pihak terkait. Setelah itu, untuk setiap kegiatan kerjasama, dibuatlah suatu perjanjian kerjasama Letter of Agreement (LoA) antara Dekan dengan pihak terkait dengan mempertimbangkan negosiasi yang telah dilakukan antara Ketua Program Studi dengan pihak ketiga tersebut.

Akuntabilitas pelaksanaan tugas dijalankan secara hierarkis dan bersifat partisipatif.  Partisipasi sivitas akademika, selain dalam pelaksanaan program, juga berkaitan dengan perencanaan program.  Secara periodik, pimpinan melibatkan sivitas akademika dalam rapat koordinasi untuk mengevaluasi atau merumuskan rencana kerja yang lebih terfokus.  Program kerja itu disusun secara terencana mengacu pada visi, misi, dan renstra serta statuta yang telah ditetapkan.